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1、液化阶段：即由不产甲烷的微生物分泌的胞外酶，对有机物质进行体外酶解，把复杂的固体有机物质转变为可溶于水的物质 。
2、产酸阶段：可溶解性物质在产酸细菌的作用下，进一步将分解代谢，生产出各种挥发的脂肪酸 。故将此阶段称为产酸阶段 。
【沼气发酵的三个阶段图示 沼气发酵的三个阶段】3、产甲烷阶段：此阶段产甲烷菌大量繁殖，其分泌的酶将分解出来的简单有机物质转变成甲烷和二氧化碳等，利用氢还原二氧化碳成甲烷，或利用其他细菌产生的甲酸形成甲烷 。

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