旗舰驾驶员可以在任意属于本军团的旗舰船坞归还旗舰，但此行为会导致旗舰在母港重新部署从而在一段时间内无法再次出击;
若旗舰的母港已被摧毁或被回收，则旗舰驾驶员可以在其他属于本军团的旗舰船坞归还旗舰，归还时旗舰会被收回军团仓库;
旗舰驾驶员若驾驶旗舰在太空中下线超过48小时，则旗舰会被系统收回军团仓库，之后驾驶员再上线时会自动换回常规舰船;
若军团的所有旗舰船坞均被击毁，则玩家可以通过下线操作立刻将旗舰收回军团仓库，其之后再上线时就会自动换回常规舰船：

星系跳跃
旗舰无法通过星门，所以旗舰在游戏中进行星际旅行的方法是使用自己的跳跃引擎进行单体星系跳跃，其功能入口位于屏幕的右下角：

跳跃星图和普通星域星图最大的区别是玩家会在星图上看到一个圆，这个圆就是旗舰的跳跃范围：旗舰可以跳跃到这个圆所覆盖到的任意星系，但若星系内没有正在启动中的跳跃通道的话，则只能抵达恒星系内的随机位置：

换句话说就是：旗舰有精确和非精确两种进入恒星系的方式，但精确跳跃仅当目标星系中存在启动中的跳跃通道时才能启用。当使用非精确星系跳跃时，旗舰进入的场景会在总览第三页中对全星系玩家公开。
旗舰的星系跳跃虽然强大但却无法连续使用，每当旗舰通过星系跳跃抵达新星系时它就会暂时失去移动、跃迁和跳跃能力，且旗舰跳跃的距离越远，其航行系统恢复所需的时间就越长：

最后，星系跳跃也并非是旗舰的专利，借助两个跳跃通道就可以实现让常规舰队也使用星系跳跃，且跳跃的操作方法和旗舰基本类似。
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