本文转自：央广网
央广网北京8月18日消息（采访人员卜叶）细胞是生命的基本单位 ， 了解它的过去、现在和未来不仅有助于我们了解正常发育的过程 ， 也对理解疾病的产生和发展至关重要 。然而 ， 想要“看清”细胞的“前世今生”仍然存在显著的技术困难 。
8月17日 ， 中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所研究员陈万泽以共同第一作者身份在Nature上发表长文 ， 介绍了研究团队在国际首创的活细胞转录组测序技术（Live-seq） ， 该技术首次让单细胞进行转录测序后 ， 依然能保持细胞存活 ， 首次实现了活细胞全基因表达的连续观测 。
“该研究实现了使用Live-seq技术对同一个活细胞多次分离部分细胞质进行多次转录组测序的可行性 ， 表明这一技术有望在将来用于构建单个活细胞的转录组系列变化动态 。该研究为单细胞转录组测序提供了全新的研究策略 ， 为我们理解生命过程的动态变化提供了强有力的手段 ， 是这一领域的又一重大突破 。”北京大学生命科学学院教授汤富酬评论道 。

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活细胞测序记录细胞的变化示意图 来源：Duygu Koldere Vilain
不杀死细胞就能测序
人类体内的细胞拥有几乎一样的基因组 ， 但是为什么能够产生多种多样的细胞？基因组中数万个的基因表达与否和高低 ， 很大程度上决定了细胞的种类和功能 ， 比如神经细胞、免疫细胞、各种肿瘤细胞等 。
因此 ， 如果知道细胞不同时间的基因表达的变化 ， 就能够了解细胞的过去、现在和未来 。
当前 ， 单细胞转录组测序技术是了解细胞状态的重要手段 ， 就像看一张“高清照片” ， 通过单细胞测序能够看清细胞现在所有基因的表达状态 。但是这些技术在理解细胞状态“电影”般的动态变化上却有很大的挑战 。
“利用单细胞转录组测序技术来观测细胞状态的前提 ， 是需要将细胞裂解 ， 提取其中的RNA来测定每个基因表达量的高低 ， 但这样就不能避免地杀死了细胞 。”陈万泽说道 ， “使用单细胞测序技术 ， 也只能了解到一个细胞当下的状态 ， 却不能获得它的过去 ， 也无法知晓它将来的功能 。”
通过近七年的努力 ， 陈万泽与合作者开发了活细胞转录组测序技术Live-seq ， 其核心是通过对活细胞中的部分细胞质进行微创提取 ， 并对极其微量的细胞质RNA进行扩增 ， 实现在进行单细胞转录组测序后 ， 依旧保持细胞的存活和功能 ， 从而可以跟踪细胞的动态变化 。
论文通讯作者、瑞士洛桑联邦理工学院教授Bart Deplancke表示 ， 该技术兼具全基因表达分辨率和动态解析能力 ， 是目前对单细胞转录组直接动态测量、偶联细胞现有状态和其后续表型的唯一解决方案 。
两次碰壁 ， 终于“钓”出RNA
如何在不杀死细胞的前提下 ， 看到细胞的动态变化？
“我们首先想到的是外泌体 ， 它是细胞向外面吐出来的小泡 ， 里面有蛋白、RNA等物质 。如果我们把单个细胞的外泌体都收集起来 ， 再对其中的RNA进行测量 ， 或许就可以在一定程度上反映细胞状态而又不杀死细胞 。”陈万泽说道 。
单个细胞中仅有10pg（皮克）的RNA ， 这相当于一克的一千亿分之一的重量 ， 而细胞分泌的外泌体中的RNA更是少之又少 。研究团队设计了微流控芯片来完成单细胞捕获、外泌体收集等过程 ， 发现由于外泌体中的RNA数量太少 ， 根本无法实现单细胞分子水平的观测 。
随后 ， 陈万泽尝试利用在生命科学领域非常小众的原子力显微镜 ， 它有一个很尖的硅探针 ， 多用来检测物质表面性质 。研究团队通过对探针进行表面活化、修饰、洗脱等改造后 ， 让其能够把细胞中的RNA“钓”出来 。