这在关于情绪和心境的研究中可能是最明显的 。
什么是恐惧？
Joseph LeDoux 是美国纽约大学（New York University）的一名神经科学家 ， 因其在杏仁核（amygdala）方向的开创性研究而闻名 。杏仁核通常被称为大脑的恐惧中心 ， 但他说 ， 这种框架是非常错误且有害的："多年来 ， 我一直被介绍为‘发现恐惧感是由杏仁核产生的人’ 。但每当被这样介绍时 ， 我总是有点不情愿 。我不想再忍受（这样的称呼）了 。"
LeDoux 在过去十年中一直强调 ， 杏仁核根本不参与恐惧的产生 。他指出 ， 恐惧是一种对（外部）情况的认知解释 ， 是一种和记忆和其他过程捆绑在一起的主观体验 。一些人经历的所谓“恐惧”的心理现象 ， 可能会被其他人当做是非常不同的感受 。研究表明 ， 恐惧产生于前额叶皮层和相关的大脑区域 。
另一方面 ， 杏仁核参与处理和应对威胁 ， 这是一种古老的潜意识行为和生理机制 。LeDoux 表示：“研究证据显示 ， 恐惧并不总是影响行为 。”
他继续解释道 ， 把杏仁核称为恐惧中心似乎是无伤大雅的 ， 但“这就意味杏仁核要为所有在语义上与恐惧有关的事物负责” 。这种错误会干扰药物开发的目标 ， 包括那些旨在减少焦虑的药物 。当利用潜在的治疗方法对处于应激状态下的动物进行测试时 ， 如果它们表现得不那么胆小或表现出较少的生理性唤醒 ， 就通常被解释为焦虑或恐惧水平的降低 。但一种药物可以改变一个人的行为或由杏仁核的输出导致的生理反应 ， 但无法治疗焦虑带来的感觉 。
LeDoux说：“这种混乱导致整个领域都受到了影响 。”
类似的问题同样发生在其他领域 。比如在关于知觉的研究中 ， 对感官刺激的物理加工和对它的意识体验往往被捆绑在一起 。但 LeDoux 认为需要将这两种类别“分开考虑" 。

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图片来源："Beta lobe neurons"byNICHD NIH,CC BY 2.0
如何定义功能？
但是 ， 由于神经系统参与特定功能的过程并不是简单的全或无 ， 所以区分不同脑区的功能就显得更加复杂 。有时这取决于大脑正在处理的内容的细节 。
以内侧颞叶（medial temporal lobe）的一部分——嗅周皮层（perirhinal cortex）为例 。嗅周皮层是大脑皮层“经典记忆系统”的重要组成部分 。来自美国国家心理健康研究所（National Institute of Mental Health）的 Elisabeth Murray 和其他研究人员做了一项实验 ， 要求人类被试和猴子从一对经过变形、彼此相似的图像中选出所需图像 。
他们发现 ， 只有当图像存在特定数量的特征重叠时 ， 嗅周皮层才会参与到任务的执行中 。当图像的相似度过高或过低时 ， 嗅周皮层的活动便与人类被试或猴子的行为表现毫无关系 。同样 ， 传统上被赋予视觉感知角色的下颞叶皮层（inferior temporal cortex）在某些特定背景下 ， 对记忆任务也至关重要 。
在已退休的神经生物学家 Steven Wise 看来 ， 这些发现意味着 ， 与其按照专门的视觉（visual）、听觉（auditory）、躯体感觉（somatosensory）或执行功能（executive function）等功能来对大脑皮层进行分类 ， 我们更应该研究这些脑区所表征的不同信息组合 。某些脑区表征的是性质的简单组合 ， 比如一个橙色正方形的“橙色”和“方形” 。另一些脑区可能已经演化到可以表征更复杂的视觉信息 ， 或者声音信息、定量信息的组合 。
Wise 认为 ， 这种大脑组织模式解释了为什么在心理活动的传统脑图谱中令人意外的功能重叠会如此之多 。Wise 说 ， 当每个脑区代表一个特定的信息组合时 ， “它在记忆、知觉、注意和行动控制中的发挥的作用都是相同的 。”

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