从“试错”走向“设计”,中国学者探索合成生物学发展新阶段
◎ 科技日报采访人员 张佳星
合成生命 , 到底“难不难”?
此前引起轰动的人工合成淀粉“吸粉”无数 , 却鲜有人了解人工合成效率比天然合成高7倍的成果背后是国内外合成生物学家十多年“设计-合成-测试-学习”的反复“试错” 。
可以不可以少试错甚至不试错 , 告别合成生物学现今的类似“手工作坊”阶段 , 让下一次的“合成”实现理性设计、功能预测?
“预测的前提是对生命过程的‘真理解’ , 在‘真理解’基础上建立模型 , 设计合成 , 才能提高实现预期目标的效率 。” 在日前召开的香山科学会议上 , 中国科学院院士、分子微生物学家赵国屏告诉科技日报采访人员 , 这将是合成生物学下一个阶段的目标 。
与会专家认为 , 应通过建立定量理论模型、形成人工智能数据集、利用工程生物学平台等研究新范式 , 把合成生物学推向定量合成生物学的新发展阶段 。
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2021年9月29日 , 第S64次香山科学会议在北京成功召开 。图为执行主席张先恩研究员、杨焕明教授、赵国屏研究员、刘陈立研究员和田志刚教授在主持会议(从左到右) 。图片来源:香山科学会议官网
从一个迫在眉睫的应用说起
“细胞治疗做了这么多年 , 感觉要做不下去了 , 但有了合成生物学 , 感觉希望又来了 。” 中国工程院院士、中国科学技术大学生命科学学院教授田志刚所言非虚 。“细胞”作为一种活的药物 , 进入体内后只有“听话”甚至“有智慧” , 才能够踏踏实实地落地临床 。
可设计、可操控、可预测 , 是细胞作为药物被批准应用于人体的一个重要条件 , 同时也是合成生物学的目标 。
田志刚举了一个例子:现在上市的、有望治好B淋巴瘤的CAR-T细胞疗法 , 主要去杀死带着CD19“特征”的B细胞淋巴瘤 , 想象派一队拿着“画像”的搜查小分队 , 追查一个脸上“带痦子”的细胞 , 这个小分队看见“带痦子”的细胞就杀 。那么问题来了 , 人体内的免疫B细胞都“带痦子”(即带有CD19标记) 。“治疗结果不仅人体内正常的B细胞连同B细胞淋巴瘤一起被干掉了 , 病人不得不输入免球蛋白以维持生命;而且往往由于派出的‘杀手’过多 , 带来危险的副作用 。”田志刚说 。
但人类设计的CAR-T细胞小分队却可以携带“逻辑门”线路 , 判断治疗过程中出现副反应可能性的“逻辑” , 从而在关键阶段 , 自动终止派出杀手 。“光、热、声、电、磁、化学物等未来都可能用来调控细胞药物 , 实现可设计、可预测 , 其医疗价值非常巨大 。”田志刚说 。
设计能力有限 , 仍靠海量“试错”
“合成生物学的发展 , 使得构建可控、复杂的人工生物系统成为可能 。” 中国科学院深圳先进技术研究院研究员刘陈立说 。但他也道出了当前面临的问题:DNA测序、DNA合成、基因编辑技术的不断革新 , 使得合成能力飞速提升 , 然而设计能力却依然十分有限 。
设计能力有限 , 造成了现在合成生物学高度依赖海量“人工试错”的局面 。
“绝大部分人工生物系统的构建与优化仍然依赖于反复试错 , 缺乏理性设计的能力 , 难以实现定量可控 。生物系统的复杂度越高 , 理性设计能力越缺乏 。”刘陈立说 。
可见 , 海量“人工试错”阶段 , 不仅“定量可控”难以保质保量实现 , 还限制了合成实现复杂目标的系统 。
直白地说 , 这个阶段 , 距离想合成一台“生命计算机”还差得远 。
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